Ubicada en la parte occidental de la Cordillera de Guaniguanico, extendida desde Guane hasta San Diego de los Baños, en la provincia de Pinar del Río, se halla la Sierra de los Órganos.
Está formada por elevaciones en forma de mogotes, a veces aisladas, otras en grupos, que de acuerdo a la imaginación de cada cual, pueden parecer ruinosos castillos, cúpulas gigantescas o murallas inaccesibles. Esas elevaciones están formadas por duras rocas calizas, de color oscuro, unas de las más antiguas de Cuba. Por el norte y por el sur, esas cadenas mogóticas están flanqueadas por alturas de pizarras.
Entre ambas formaciones orográficas, se hallan encerrados preciosos valles intramontanos. De oeste a este, las estructuras mogóticas más notables son los cerros de Guane, Punta de la Sierra, Sumidero, Resolladero, Quemado, El Infierno, Galeras, Ancón, Jagua Vieja, San Andrés, siendo las más conocidas las del valle de Viñales, lugar de gran atracción turística.
En la Sierra de los Órganos se localizan las más grandes y bellas cavernas de Cuba. En la serranía de Quemado se abre un sistema de cuevas y ríos subterráneos, que es el mayor de Cuba y uno de los más extensos de América Latina, con unos 50 kilómetros de galerías, y el cual fue bautizado con el nombre de Gran Caverna de Santo Tomás, por llamarse así el río que la originó.
El punto culminante de esta región es el cerro de Cabras, a 484 metros sobre el nivel del mar, semejante por su figura a un volcán y cerca del cual nace el río Cuyaguateje, el mayor del occidente cubano. En este territorio también se localizan los más ricos yacimientos de cobre de Cuba: las Minas de Matahambre.