Su fuente principal está en los manantiales
situados al suroeste de Catalina de Güines
(llamados los Ojos de Agua de Catalina)
y su desembocadura en Punto Mora, en la
costa sur de la provincia de
La
Habana y al oeste de la playa del Rosario.
Los afluentes principales del Mayabeque
son el Mampostón y el Americano.
El área de su cuenca es de 652 km2
y su longitud es de 53 kilómetros.
La corriente de este río es constante
durante todo el año, aún en
los períodos de sequía extrema,
gracias a los manantiales fértiles
que brotan en su cabecera.
El curso medio superior del río Mayabeque
está regulado por la presa Pedroso,
la cual forma parte del
Conjunto
Hidráulico Pedroso-Mampostón.