El Almendares nace al oeste de las lomas de Tapaste y es alimentado por pequeños arroyos que surgen de los repartos El Cotorro, Loma de Tierra, Cuatro Caminos, Santa Amelia, Managua, Sierra Maestra, Santiago de las Vegas, Rancho Boyeros, Calabazar y otras áreas urbanas todas ubicadas en el sur capitalino.
De estas superficies urbanizadas, el río no sólo recibe el drenaje pluvial, sino también las aguas albañales e industriales, todo lo cual ha provocado una severa contaminación en sus cursos medio e inferior. Actualmente se llevan a cabo diferentes labores de saneamiento para mitigar y, a largo plazo, disminuir la polución de la principal arteria fluvial de ciudad de La Habana, capital de la República de Cuba.
Esta corriente de 50,0 kilómetros de largo y una cuenca de 402 km2, cuenta con numerosos afluentes pequeños y su desembocadura se halla en la costa norte, entre los límites de los municipios de Playa y Plaza de la Revolución, de la provincia Ciudad de La Habana.
Los manantiales de Vento, en las riberas del Almendares, abastecen de agua a la urbe habanera. Al pasar cerca de La Habana, el río presenta muchos meandros (recodo o curva) lo que unido a la urbanización a que ha sido sometida gran parte de su cuenca, dificultan su trayectoria para desembocar en el mar.
Las inundaciones provocadas por este río han sido controladas con la construcción del embalse Ejército Rebelde, en el Parque Lenin, una extensa área de recreación de la capital cubana.