Con un nombre proveniente de una voz aborigen (arauaco), Manicaragua es otro de los 13 municipios de la provincia de Villa Clara. Así se llamó la primera hacienda mercedada (entregada en usufructo por la Corona española) en Cuba, el 12 de agosto de 1536, por el ayuntamiento de Sancti Spíritus, a Don Fernando Gómez, vecino de la villa.
Dicha merced se otorgó aceptándose, al mismo tiempo, el ofrecimiento que hacía el interesado de dar 100 ducados para obras públicas y 100 más para levantar la iglesia.
El Partido Judicial de Manicaragua se fundó en 1806. En 1842, se dividió en dos: Manicaragua la Vieja y Manicaragua la Moza. Este volvió a unificarse en 1850 en una sola capital, con el nombre actual.
La porción sureste del municipio se corresponde con parte de la Sierra de Trinidad, de las montañas Guamuhaya.
En su parte centro-oriental se encuentra un gran embalse que regula las aguas del río Hanabanilla, cuyas famosas cascadas, de igual nombre, quedaron permanentemente bajo las aguas. Esa obra hidrotécnica está destinada a la generación de energia eléctrica, abasto a la población y riego de pastos y otros cultivos.
La presa Hanabanilla también se emplea con objetivos turísticos, gracias a la presencia del hotel homónimo, en cuyas áreas se desarrollan actividades vinculadas al espejo de agua, como paseos en bote, pesca de la trucha y otras.
Es el único municipio no cañero de la provincia villaclareña. Su economía está basada en las siembras de café y tabaco. Allí se produce el conocido y gustado queso azul de Manicaragua.