Comenzó a desarrollarse como poblado en 1698, cuando fue entregada la hacienda San José de las Lajas a Manuel Duarte.
El hacendado Antonio Águila, en coordinación con otros dos, fundaron en un local de su propiedad la primera iglesia en la hacienda San José y, a partir de ese momento, se construyeron las siete primeras casas, a cuyo alrededor existían grandes cantidades de lajas (piedras planas), de ahí el nombre del territorio. La fecha de fundación data de 1778.
En las alturas de la región se localizan grandes cuevas como las de Cotilla, con ramales subterráneos de casi un kilómetro de longitud y ricos depósitos de guano de murciélago (excremento), muy empleado como abono natural. También es notable la Cueva del Indio, en la base de la Loma de La Jaula, así como numerosas grutas de la sección oriental de las Escaleras de Jaruco.
San José de las Lajas cuenta con producciones de viandas y vegetales, y tienen un gran peso económico la ganadería y la industria. En el área urbana se encuentran importantes centros fabriles, fundamentalmente, de la industria básica, alimentaria y de materiales de construcción, así como instituciones superiores de investigación y docencia de la rama agropecuaria.