La fundación de este territorio data de 1768 y se encontraba asentado en la Llanura de Güines, en terrenos del corral Melena o San Juan. El Ayuntamiento fue creado 110 años después.
Al igual que todos los municipios del sur habanero, Melena del Sur presenta una ciénaga litoral con algunas lagunas y zanjas; al centro se extiende el peniplano y al norte se alzan algunas elevaciones como la Sierra del Guanal, de las Alturas Bejucal-Madruga-Coliseo.
El 3 de enero de 1896, el Lugarteniente General Antonio Maceo tomó sin resistencia ese pueblo, durante las acciones llevadas a cabo en su invasión a occidente, en la guerra contra la dominación española.
Más acá en la historia, el 8 de noviembre de 1961, el municipio de Melena del Sur fue declarado Primer Territorio Libre de Analfabetismo en Cuba, durante la Campaña de Alfabetización llevada a cabo en todo el país.
La producción de azúcar, viandas, vegetales y la ganadería, figuran entre las principales actividades económicas del territorio.