Su nombre se origina de la palabra indígena matabanó, que significa residencia del cacique (jefe), denominado así por una población siboney que radicaba allí. Los conquistadores españoles fueron trocando las consonantes labiales, hasta quedar el nombre actual de Batabanó.
La fundación de la villa de San Cristóbal de La Habana, se realizó por las inmediaciones de este territorio en la costa sur y, más tarde, se trasladó al lugar que hoy ocupa en el litoral norte. No obstante, algunos españoles que quedaron allí formaron un poblado, en 1668.
Surgidero de Batabanó, la cabecera municipal, se distingue por ser uno de los más activos puertos pesqueros del país. El comercio de las esponjas fue una importante industria en esa localidad.
Este es uno de los puertos de la costa sur del país, de donde parten las embarcaciones que realizan el recorrido por las aguas que separan a Cuba de la Isla de la Juventud.
Entre sus renglones económicos sobresalen los cultivos de caña de azúcar, viandas y vegetales, ganadería, fábricas de productos alimenticios y de la industria ligera, así como un complejo pesquero y una de las mayores flotas de pesca de la nación, empleada en la captura de camarones, langostas y especies de escamas.