El territorio que hoy ocupa el municipio Rafael Freyre se llamaba anteriormente barrio Bariay, perteneciente a Gibara, y luego Santa Lucía, denominación del ingenio azucarero local. Ese central había sido fundado en 1857, cuando Rafael Lucas Sánchez Hill estableció un pequeño trapiche al que nombró con el vocablo indígena Guabajaney, cuyos restos se conservan aún.
En 1881 esa industria fue llamada Santa Lucia, al pasar a manos de la Sociedad Anónima de igual nombre. En 1960, al ser nacionalizado el central, esa fábrica de azúcar fue bautizada como Rafael Freyre, en homenaje a uno de los pobladores del lugar, caído el 26 de julio de 1953, durante el ataque al cuartel de Bayamo, como parte de las acciones contra la dictadura de Fulgencio Batista.
Su litoral presenta un grupo importante de radas: Bahía de Bariay, de Vita y de Naranjo. Al oeste de la Bahía de Bariay se localizan arrecifes coralinos en la plataforma submarina.
El peso fundamental de la economía municipal está en la agricultura cañera y la producción de azúcar, la cual es embarcada por el puerto de Vita. Otro renglón de interés es la ganadería.