Su nombre proviene del vocablo de origen indio manayabo, que designaba un pequeño río, en cuyas orillas se comenzó a poblar la que posteriormente seria una populosa ciudad.
El Ayuntamiento se creó en 1878. Este territorio debió su auge económico y gran población, a su proximidad con la capital del país, de la cual sólo la separaba entonces el río Almendares.
Es el único municipio de la provincia Ciudad de La Habana que cuenta con una fábrica de azúcar, el primer renglón económico del país. Aunque posee importantes industrias textiles, de papel, tabaco, sideromecánica, biotecnológica y hospitales, entre otras instalaciones, su peso fundamental recae en la rama educacional, con más
de 70 centros docentes de enseñanza superior, artes y de distintos niveles de instrucción.
En enero de 1959, el Comandante Camilo Cienfuegos, al frente de fuerzas del Ejército Rebelde, llevó a cabo la toma y ocupación de Columbia, la hasta entonces más importante fortaleza militar de la derrocada dictadura de Fulgencio Batista, la que fue convertida en asiento de numerosas escuelas, por lo cual fue bautizada con el nombre de Ciudad Escolar Libertad.