Gran importancia ecológica para Cuba la tiene la familia de los murciélagos, tanto los insectívoros que sirven de control biológico a la proliferación de insectos, como los frugívoros que diseminan las diferentes especies vegetales. Estos microquirópteros habitan fundamentalmente en las numerosas cavernas o entre el follaje de los árboles y han aprendido a formar colonias en las construcciones (túneles, campanarios, casas abandonadas).
Ocasionalmente este animal puede trasmitir enfermedades al hombre, entre ellas: la histoplasmosis, que se adquiere en algunas cuevas contaminadas con este hongo, y la rabia, la cual puede afectar a ejemplares migratorios.
Cabe destacar el murciélago mariposa (Natalus lepidus), considerado el más pequeño del mundo, incluído entre las 27 especies que habitan en el territorio nacional. Perteneciente a la familia de los quirópteros, este mamífero es extremadamente pequeño (la hembra es mayor que el macho) y pesa de dos a tres gramos. Sus alas extendidas miden entre 18,6 y 21,3 centímetros. Su origen es antillano.
Posee un hocico ancho y corto sin hojuela nasal Sus extremidades inferiores son algo grandes, la cola es muy larga (2,5-3 centimetros) y su cráneo es alargado, pequeño y delicado. Tiene 38 dientes. Permanece en reposo durante el día y la noche y sale en la tarde hasta que se pone el sol. Vive en recintos cavernarios abrigados, calurosos y húmedos.
Se alimenta de insectos que caza al vuelo. Se le localiza en Consolación del Sur, La Habana, Santa Cruz del Norte, San José de Las Lajas, Cárdenas, Matanzas, Cienfuegos, Trinidad, Gibara, Niquero y en la Isla de la Juventud. De las 27 especies conocidas en Cuba, por lo menos ochos son endémicas y otras de las Antillas en general.