Aves
Entre las más de 300 especies y subespecies de aves existentes en Cuba, podemos mencionar como variedades endémicas las siguientes: el tocororo, Ave Nacional; la cotorra, muy solicitada por su imitación de la voz humana; el catey, conocido por perico; el arriero, lindo habitante de los bosques espesos de la isla.
Otras variedades típicas son el sijú platanero y el gavilán caguarero, ambos rapaces diurnos; el zunzuncito, considerada el ave más pequeña del mundo; el ruiseñor, con un extraordinario canto aflautado; el cabrero, que resalta por su buen trino y llamativos colores; y la pedorrera o carta cuba, uno de los más bellos ejemplares alados del archipiélago cubano.
Figuran igualmente el carpintero jabado, con una moña colorada en la cabeza del macho; el cao, uno de los pájaros negros cubanos; la fermina, ave con endemismo muy localizado; totí, pájaro negro que ataca los arrozales en grandes bandadas; tomeguín del pinar, muy común en los campos de la isla y la gallinuela de Santo Tomás, ave acuática endémica de la Ciénaga de Zapata.
Punto aparte merecen el carpintero real y el guacamayo cubano, el primero de ellos, considerado en peligro de extinción, y el segundo, desaparecido desde el siglo pasado.
Existe un numeroso grupo de estos vertebrados alados que, aunque no son endémicos, anidan en territorio cubano o tienen amplia distribución caribeña, entre ellos podemos citar el flamenco, de largas patas y color rosáceo; la yaguasa, apreciada por su carne; el gavilán de monte, muy común en Cuba; y el sinsonte, rey de los alados canoros que habitan aquí.
También se encuentran la tojosa, una de las palomas silvestres más pequeñas del mundo; el querequeté, conocido por su hábito de volar al atardecer sobre los campos y costas y el martín pescador, gran devorador de peces.

Otras especies
La variedad de las especies de la fauna de Cuba, unido a la belleza que caracteriza a algunos de sus especímenes, le ha ganado a la isla el nombre de Paraíso de los Naturalistas.
El archipiélago cubano cuenta con unas 13 mil especies de animales terrestres, entre invertebrados y vertebrados: mamíferos, aves, anfibios y reptiles, y una gran parte de ellos habitan exclusivamente en este territorio. No hay ejemplares feroces o venenosos para el hombre.
En los mares adyacentes viven alrededor de 900 clases de peces, entre los que sobresalen el pargo, la cherna, el serrucho o sierra, la rabirrubia, el bonito, la lisa, la aguja de paladar, el sábalo y el tiburón. Es endémico del país el manjuarí, pez de agua dulce, al igual que varias especies de peces ciegos (sin ojos) que habitan en cavernas de las región occidental-central.
Son crustáceos importantes: el cangrejo moro, la langosta y el camarón. En los bajos fondos costeros abundan los corales, las medusas, las estrellas de mar, los erizos, y sobre todo, esponjas, invertebrados de gran importancia económica.
Existen mil 700 especies de moluscos, tanto terrestres como marinos y fluviales. Por su valor alimenticio, se destacan el ostión (Ostrea virginica), la almeja (Macoma contricta), los pulpos y calamares. Los bañistas y buceadores pueden admirar en las costas rocosas y en las playas cubanas, una gran variedad de caracoles marinos, entre los que sobresalen el llamado cobo, que formaba parte de la dieta aborigen y era usado como instrumento de comunicación a distancia. Entre los caracoles no deben olvidarse los que habitan en la región oriental, donde se localiza la famosa polimita (Polymita picta), endémica de Cuba, considerada el molusco terrestre más bello del mundo.
Los artrópodos suman más de siete mil especies, algunos autóctonos como ciertos alacranes. Entre los insectos, el archipiélago cubano tiene una gran representación con miles de variedades, distribuidas en todos los ecosistemas, incluyendo las cavernas. Cabe mencionar, por ser las más vistosas y endémicas, algunas mariposas como las llamadas Gundlach y Avellaneda.
Los anfibios cubanos cuentan con 45 tipos de ranas y sapos, entre los cuales sobresalen el Gran sapo de muescas de occidente; la ranita de Cuba y la rana Toro.
En los mares próximos habitan varias especies de tortugas (entre ellas el carey, de concha muy apreciada y la caguama, de carnes comestibles), y en los ríos y pantanos viven las jicoteas.
La isla cuenta con unas 100 variedades de reptiles, entre los cuales son endémicos: la iguana, el chipojo verde, y la iguanita de rabo enroscado, el majá de Santa María, y el cocodrilo.
La fauna cubana es pobre en grandes mamíferos terrestres, pero en cambio vuelan 27 especies de murciélagos; sobreviven desde tiempos prehistóricos más de media docena de roedores como la jutía; así como el peculiar insectívoro llamado almiquí y el gran sirenio de las aguas cubanas: el manatí.
Varias especies de cetáceos se acercan a las costas cubanas, entre ellos, el delfín llamado tonina, muy común en las aguas litorales, el cual penetra incluso en las bahías. Este delfín denominado científicamente Tursiops truncatus, es el más adaptable al cautiverio y a la domesticación en acuarios. Su coloración es gris plomo en el dorso y blanca en las partes inferiores. Llega a medir tres metros y medio de largo.
Esta especie ha sido objeto de diferentes investigaciones, que permitieron despejar numerosas incógnitas sobre la biología de estos cetáceos.